小鼠小肠类器官（Mouse Small Intestinal Organoids, MSIO）是从小鼠小肠隐窝分离的Lgr5⁺干细胞，或由小鼠胚胎干细胞定向分化形成的三维体系，能高度模拟体内小肠的组织架构与功能，因小鼠遗传背景清晰、可与体内模型联动，是研究小肠发育、肠道屏障及炎症性肠病的经典工具。
成熟小鼠小肠类器官呈分支状囊体结构，直径约0.2-0.5mm，核心是围绕中央腔隙的极化上皮，形成典型的 “隐窝样凸起 + 绒毛样褶皱” 结构（模拟体内小肠隐窝-绒毛单元），隐窝样凸起区域富集Lgr5⁺干细胞，持续分化为各类功能细胞。
小鼠小肠类器官细胞组成包含小肠特有的吸收细胞、杯状细胞、潘氏细胞、肠内分泌细胞等，上皮外侧包裹少量间充质细胞，维持结构稳定性；小鼠小肠类器官的核心标志物主要包括小肠隐窝基底成体干细胞特异性标志物Lgr5、小肠绒毛上皮细胞特异性标志物Villin等。
小鼠小肠类器官可重现小肠核心生理功能：吸收细胞完成糖、氨基酸等营养物质的转运；杯状细胞分泌黏液形成屏障；潘氏细胞分泌抗菌物质抵御微生物；其上皮紧密连接能模拟小肠黏膜的屏障功能，是研究小肠营养吸收、肠道免疫的理想体外模型。
